Peamised erinevused: Archaea on üksikrakulised organismid, millel puudub tuum ja mis metaboliseerivad metaani. Bakterid on üksikrakulised organismid, millel puudub tuum, mitokondrid, kloroplastid, golgulaadid ja ER.

Organismid on meie olemasolu seisukohalt olulised, sest inimesed ja kõik muud elusolendid neist arenenud. Organisme võib jagada kahte kategooriasse: eukarüoot ja prokarüootid. Prokarüootide mikroorganisme võib veelgi liigitada kolme valdkonda: eukarjasse, bakterisse ja araesse. See võib muutuda pisut segadusse, sest need kaks on sarnased välimuses ja neid võib sageli üksteisest lähtuvalt segi ajada, kuigi need erinevad üksteisest mitmel viisil.

Archaea on ühe rakuga mikroorganismide domeen. Arhiivi klassifitseeriti algselt prokarüootide hulka kui arheebaktereid, kuid seda klassifikatsiooni peetakse nüüd aegunuks. Arhiiv on nüüdseks õige domeen kolme domeeni süsteemis ühe tüpi organismide jaoks, kuna neil on sõltumatu ajalugu ja neil on palju erinevusi teistest mikroorganismidest. Archaea jaguneb neljaks tunnustatud phyla, kuid palju rohkem võib olla ka phyla. Sõna „archaea” on pärit iidse kreeka ἀρχαῖα-st, mis tähendab „iidseid asju”. Arheea mikroorganismidel ei ole nende rakkudes raku tuuma ega teisi membraaniga seotud organelle. Archaea jagati kõigepealt 1977. aastal eraldi rühma Carl Woese ja George E. Foxi poolt, tuginedes ribosomaalsete RNA (rRNA) geenide järjestustele. Algselt nimetati seda Archaebacteria ja Eubacteriaks, mis hiljem nimetati ümber Archaea ja Bacteria. Merriam Webster määratleb „arhiivi“ kui „domeeni mikroorganisme (Archaea), sealhulgas eriti metaani tootvaid vorme, mõningaid punaseid halofiilseid vorme ja teisi karmide happeliste keskkondade (kuuma vedruna)”.

Archaea sarnaneb kuju ja suurusega bakteritega; see on koht, kus segadus tuleneb, kuid mõnel arheial on väga ebatavalised kujundid, nagu Haloquadratum walsbyi organismidel on tasased ja ruudukujulised rakud. Archaea on ka kõige vanemad organismid, mis on avastatud. Need on vahemikus 0, 1 mikromeetrit (μm) kuni üle 15 μm läbimõõduga ja esinevad erineva kujuga, sealhulgas kerad, vardad, spiraalid, plaadid, lobed rakud, nõelataolised kiud ja ristkülikukujulised vardad. Kuigi araak on sarnane bakteritele, on sellel geenid ja metaboolsed radad, mis on sarnased eukarüootidega, sealhulgas kolme RNA polümeraasi omamine. Archaea tugineb ellujäämiseks oma rakumembraanis olevatele eeter-lipiididele. Arheea ainulaadne omadus on, et nad suudavad elada äärmuslikes tingimustes, nagu äärmiselt kuum, äärmiselt külm või äärmiselt soolane vesi. Ka arhee raku seintel puudub bakterites leiduv peptidoglükaan. Enamikus arhiivides on sein kogunenud pinnakihi valkudest, mis moodustavad jäiga massiivi valgu molekule, et katta raku väliskülg, mis on sarnane ahelahelaga. Archaea omandab energiat erinevatest allikatest, nagu suhkrud, ammoniaak, metalliioonid, vesinikgaas, päikesevalgus ja süsinik, ning toodavad kõrvalproduktina lämmastikku, metaani, väävelhapet jne. Arhiiv paljuneb selliste meetmete abil nagu binaarne lõhenemine, killustumine või lootus. Archaea mängis ja mängib jätkuvalt suurt rolli süsinikutsüklis ja lämmastiku tsüklis Maal.

Bakterid on prokarüootsete mikroorganismide suurim domeen. Arvatakse, et need on esimesed eluvormid, mis ilmusid Maale ja on enamikus elupaikades, sealhulgas inimeste, loomade ja taimede kehades. Hinnangute kohaselt on Maa peal umbes viis (5 × 10 ^ 30) bakterit. Kuigi algselt peeti baktereid taimedeks, mis moodustavad Schizomycetes'i klassi, klassifitseeritakse see nüüd prokarüootide alla. Erinevalt eukarüootide rakkudest ei sisalda bakterirakud tuuma ja neil on harva membraaniga seotud organelle. Mõiste "bakterid" on uue ladina "bakteri" mitmust ja see on saadud kreeka βακτήριον (baktērion) ja βακτηρία (baktēria), mis tähendab "töötajad, roo", mis viitab organismide kujule, mis leiti aega. Terminit "bakterid" kasutati kõigi prokarüootide tähistamiseks, kuigi hiljem muudeti, kuna täiendavad avastused leidsid organismide vahel erinevusi.

Bakterid on tavaliselt vähesed mikromeetrid, mis esinevad mitmesugustes vormides, kaasa arvatud kookid, bacillid, vibrio, spirilla, spirokahetid ja kuubikud. Bakterirakud on umbes kümnendik eukarüootsete rakkude suurusest ja on tavaliselt 0, 5–5, 0 mikromeetrit. Bakterite kuju määrab rakuseina ja tsütoskelett, mis muudab ja kohandub selleks, et saada nõuetekohaseid toitaineid, kinnitada pindadele, ujuda vedelike kaudu ja põgeneda kiskjate eest. Bakteri seina ümbritseb lipiidmembraan, mis ümbritseb ja hoiab rakus sisalduvaid toitaineid, valke ja teisi tsütoplasma olulisi komponente. Prokarüootidena ei ole bakteritel membraaniga seotud organelle ja seega on neil vähe suuri intratsellulaarseid struktuure. Neil puudub tõeline tuum, mitokondrid, kloroplastid ja teised organellid. Neil on ka üks RNA polümeraas. Rakumembraan sisaldab estersidemeid, samas kui rakuseinad on valmistatud peptidoglükaanist. Bakterid kasvavad ja paljunevad binaarse lõhustumise teel aseksuaalselt.

Bakterid on planeedi oluline osa ja mängivad olulist rolli toitainete taaskasutamisel, näiteks lämmastiku fikseerimisel atmosfäärist ja põrkumisest. Isegi äärmuslikes tingimustes pakuvad bakterid eluea säilitamiseks vajalikke toitaineid, muutes lahustunud ühendid nagu vesiniksulfiid ja metaan. Bakterid võivad kahjustada ka organismi, tekitades inimestele mitmesuguseid haigusi, nagu hingamisteede haigus, HIV jne. Paljude haiguste korral kasutatakse antibiootikume, et vabastada keha kahjustavatest bakteritest. Bakteritel on ka muud kasutusalad nagu reoveepuhastus, naftareostuse lõhkumine, juustu ja jogurtitootmine, kulla, pallaadiumi, vase ja muude metallide taaskasutamine.