Peamine erinevus: Katoliku Piibel on vana Vana Testamendi nelikümmend kuus raamatut (mis sisaldab seitset Apokrüha raamatut) ja kahekümne seitsme Uue Testamendi raamatut. Protestantlik Piibel on ainult Vana Testamendi kolmekümne üheksa raamatut ja Uue Testamendi kahekümne seitset raamatut.

Suur erinevus katoliku ja protestantliku kiriku vahel on nende usk Piiblitesse. Katoliiklased näevad Piiblit võrdsena Kiriku ja traditsiooniga, samas kui protestandid näevad Piiblit usu ja praktika kõrgeimana.
Tuleb märkida, et Piibel ei ole ainult üks raamat; see on raamatute kogumik kirjutistest ajaloolistele sündmustele. See on Jeesuse, tema apostlite ja nende elu lugude raamatute raamatukogu pärast seda, kui Jeesus ristil suri. 4. sajandi lõpus olid need erinevad mahud ja lood üheks mahuks, mis on sisuliselt tänapäeva piibel, nagu me seda teame. Kaasaegne Piibel koosneb kahest osast: Vana Testament ja Uus Testament.
Nii katoliiklik kui ka protestantlik piibel sisaldavad Uut Testamenti samas vormis. Erinevus tekib Vana Testamendis. Vana Testamendi protestantlikesse Piiblitesse kantud doktriinide või raamatute kanoniseerimine. Kanjoniseerimine on protsess, mis valib, millised raamatud peaksid Piiblisse jääma ja muutuma ning mis tuleks välja jätta. Protestantlik Piibel sisaldab ainult neid raamatuid, mida peeti Jumala sõnadeks. Väljendati raamatuid ja lugusid, mida peeti "inimese" poolt kirjutatud. See kanoniseerimisprotsess võttis palju sajandeid.
Vana Testamendi algne Piibel põhineb juudi pühakirjade kreeka tõlkel, mida nimetatakse Septuagintiks. Umbes 100 AD, muutsid juudi rabid oma Pühakirja ja asutasid juudi ametliku kanooni, mis jättis mõned osa Kreeka Septuagintist.
Eemaldatud raamatud olid Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Macababese, tarkus (Saalomoni), Sirach ja Baruch. Samuti eemaldati osa olemasolevatest raamatutest, sealhulgas Psalm 151 (Psalmidest), Esteri raamatu osad, Susanna (Danielist 13. peatükk) ja Bel ja Dragon (Danielist 14. peatükk).

Rooma katoliku kirik ei järginud protestantide samme ja jätkas oma vana testamendi rajamist Septuagintile. Põhimõtteliselt sisaldab katoliku Piibel endiselt Vana Testamendi algupäraseid nelikümmend kuut raamatut (mis sisaldab seitset Apokrüha raamatut) ja kahekümne seitsme Uue Testamendi raamatut. Seevastu protestantlik Piibel sisaldab nüüd Vana Testamendi kolmekümne üheksat raamatut ja Uue Testamendi kahekümne seitset raamatut.