Peamised erinevused: DBMS-i kasutatakse failide andmete salvestamiseks. DBMS-is saab suhteid luua kahe faili vahel. Andmed salvestatakse metaandmetega korterfailides, samas kui RDBMS salvestab andmed tabelina koos täiendavate andmetega, mis jõustavad tabelite vahelisi suhteid. Erinevalt RDBMSist ei toeta DBMS kliendiserveri arhitektuuri. RDBMS kehtestab terviklikkuse piirangud ja järgib ka normaliseerimist, mida DBMS ei toeta.
DBMS ja RDBMS on mõlemad juhtimissüsteemid, mis viitavad andmebaaside haldamiseks vajalike programmide kogumisele. Sellele sarnasusele vaatamata esineb nende vahel suuri erinevusi. DBMS tähistab andmebaasi haldussüsteemi, samas kui RDBMS tähistab relatsioonilise andmebaasi haldussüsteemi; need tarkvarad on loodud selleks, et säilitada ja kasutada tõhusalt suurt kogumikku. Andmebaaside juhtimissüsteemid tutvustasid Charles 1960. aastal, samas kui relatsiooniandmebaaside süsteemid asutasid dr. EFCodd IBMi San Jose uurimislaborist 1970. aastal.
DBMS haldab suure hulga struktureeritud andmeid päringute töötlemise eeliste, andmetele juurdepääsu kontrollimise, andmete jagamise ja nõuetekohase otsimise ning andmete muutmise abil. RDBMS on DBMS, mis salvestab andmed tabelites; tabel on omavahel seotud andmete sisestuste kogum, mis koosneb veergudest ja ridadest. Igal neist tabelitest on kordumatu tunnus või "esmane võti". RDBMS salvestab ka andmete vahelise suhte tabelite kujul. DBMS hierarhilises mudelis on andmed korraldatud ümberpööratud puuna; kus igal üksusel on ainult üks põhisõlm, kuid võimalusega mitut lastesõlme. DBMS-i võrgumudelis on üksused organiseeritud graafikuks ja üksused on ligipääsemiseks määratletud teedega. Suhtlusmudelis on DBMS andmed organiseeritud kahemõõtmelistesse tabelitesse, mida nimetatakse suhtedeks ja RDBMS põhineb sellel konkreetsel relatsioonimudelil. DBMS kvalifitseerub RDBMS-iks, kui see järgib Dr.EFCoddi poolt määratud 13-d. Neid eeskirju kirjeldatakse kui
Reegel 1: Kõik andmed peavad olema esindatud väärtustega veergude positsioonides.
Reegel 2: Iga väärtus peab olema ligipääsetav.
Eeskiri 3: Nullväärtusi tuleb süstemaatiliselt ravida.
Reegel 4: Aktiivne veebipõhine kataloog peab põhinema suhtlusmudelil.
Reegel 5: vähemalt ühe keele olemasolu, mis on terviklik andmete määratlemisel, vaadete määratlemisel, andmetöötlusel, turvalisuse ja terviklikkuse piirangutel, autoriseerimis- ja tehingupiiridel.
Reegel 6: Süsteem peab suutma teoreetiliselt uuendatavaid vaateid uuendada.
Reegel 7: Süsteem peab toetama kõrgetasemelist sisestamist, värskendamist ja kustutamist.
Reegel 8: Süsteem peab omama füüsilist andmete sõltumatust.
Reegel 9: Süsteemil peab olema loogiline andmete sõltumatus.
Reegel 10: Terviklikkuse piirangud tuleb määrata rakenduse programmidest eraldi.
Reegel 11: Andmebaasi osade jagamine erinevatesse asukohtadesse peab jääma kasutajatele nähtamatuks.
Reegel 12: Madala taseme keelt ei tohi kasutada terviklikkuse reeglite ja piirangute ülekandmiseks või ületamiseks, mis on väljendatud kõrgema taseme relatsioonikeeles.
DBMS-i saab kasutada lihtsate rakenduste jaoks, samas kui selle järgmise põlvkonna disaini ehk RDBMS-i saab kasutada keerulistes ärirakendustes. IBMi infohaldussüsteem (IMS) on näide DBMSist ja Microsoft SQL Server on näide RDBMSist.
