Peamine erinevus: Pinotsütoos on vedelike imendumine, samas kui fagotsütoos on tahkete objektide imendumine, mis on rakule põhiliselt toiduks.
Nii pinotsütoos kui ka fagotsütoos on endotsütoosi tüübid. Endotsütoos on protsess, mille käigus rakud neelavad neid molekule. Need molekulid sisaldavad sageli valke ja teisi aineid, mis on raku olemasolu jaoks olulised. Endotsütoosi protsessi kasutavad kõik rakud, kuna molekulid on suured polaarsed molekulid, mis ei suuda läbi hüdrofoobse plasma või rakumembraani.

Pinotsütoos on vedelike imendumine, samas kui fagotsütoos on tahkete objektide imendumine, mis on rakule põhiliselt toiduks. Peaaegu kõik rakud täidavad pinotsütoosi, kuid fagotsütoosi teevad ainult spetsiaalsed rakud, mis kaitsevad kudesid bakterite, rakujäätmete ja muude ebanormaalsete materjalide imendamise teel.
Pinotsütoos on sisuliselt vedeliku absorbeerimise protsess koos selle sisuga rakku. Rakk seda teeb, moodustades läbi membraani kitsad kanalid. Need kanalid ümbritsevad vedelikku ja kogu selle sisu ning seejärel pigistavad need vesiikuliteks, mistõttu vedelik imendub rakku edukalt. Seejärel sulanduvad molekulid hüdrolüüsimiseks või lõhustumiseks lüsosoomidega. Pinotsütoosi protsess nõuab palju energiat adenosiintrifosfaadi kujul. See on keemiline ühend, mida kasutatakse enamikus rakkudes üldiselt energiana.
Fagotsütoos on rakkude ja paljude protestide, nagu amoeba, toitainete absorbeerimise ja neelamise protsess. Imendumisprotsess on sarnane pinotsütoosiga, välja arvatud see, et vedeliku asemel on imendunud aine olulised toitained, mida ümbritseb kanal ja seejärel pigistatakse vesiikuliteks. Toitained sulandatakse seejärel lüsosoomidega ja lagundatakse ensüümide kaupa. Seejärel eemaldatakse rakust kõik jäätmematerjalid.

Fagotsütoos on sünonüüm ühe-rakuliste organismide söömisel, kuid paljurakulistel loomadel on see protsess kohandatud, et kõrvaldada jäätmed ja praht, mitte toitaineid ja kütust rakuliste protsesside jaoks. Eriti kehtib see immuunsüsteemi rakkude kohta, mis kasutavad patogeenide ja teiste rakujäätmete eemaldamiseks fagotsütoosi, kaasa arvatud, kuid mitte ainult, bakterid, surnud kudede rakud ja väikesed mineraalosakesed.
Fagotsütoosi poolt imenduv aine võib olla sama suur kui rakk, mis eeldab rakkude loomist piisavalt suured vesiikulid, et ümbritseda toitaineid. Kuid pinotsütoosi korral on vesiikulid palju väiksemad, kuna nad peavad ümbritsema ainult vedelikke, millel ei ole kindlat kuju. Tehniliselt toimib pinotsütoos fagotsütoosina, ainus erinevus on see, et fagotsütoos on spetsiifiline nende transporditavate ainete puhul. See on tingitud asjaolust, et fagotsütoos kaasab terved osakesed, mis hiljem lagunevad ensüümide poolt ja neelduvad rakkudesse, samas kui pinotsütoos absorbeerib peamiselt juba lahustunud või lagunenud toitu.