Peamine erinevus: Shia on üks kahest suurest islami sekti, teine on sunniid. Ismaili on jagamine Shia sekti sees. Jagamine on tingitud imaami valikust.

Enne kui mõistate, kuidas Shiase need kolmesse harusse jagunevad, on oluline mõista, kuidas tekkisid erinevused sunniite ja shia vahel. Muhamedi all peeti kõiki moslemeid üheks. Muhammedi peetakse Jumala lõplikuks prohvetiks. Erinevused järgisid Muhamedi surma. Muhammad suri, ilma et ametlikult kuulutataks pärijat moslemi kogukonna juhtimiseks. Oli kaks peamist kandidaati: Abu Bakr (Muhamedi isa) ja Ali (Muhamedi nõbu ja -venn). Sunni valis Abu Bakri, kes oli Muhammedi sõber ja usaldusisik kalifiks, et juhtida ja nõustada. Sia uskusid siiski, et kalifaat peaks jääma Muhamedi perekonda ja seega eelistama Ali kui juht. Ali sai sunniidi reeglina neljas kalifaat. Lisaks nendele on ka teisi väikesi erinevusi, kuidas nad palvetavad ja mida nad usuvad. Nende erinevuste tõttu shia ja sunni vahel on islami kaks sekti pidevalt kokku puutunud.
Shia ka seisis silmitsi mõnede sisemiste erimeelsustega, mis olid seotud imaamidega ja kes peaksid juhtima imaama. Shia islami all peetakse imaami juhtiks, keda vaadeldakse juhisena kõigi eluvaldkondade jaoks. Shia doktriini kohaselt on Imamah jumalik institutsioon, mis järgnes prohvetluse institutsioonile. Nad usuvad, et jumalikud olendid valivad ja valivad imaamid, neil on täielikud teadmised ja nad saavad õigesti tõlgendada Qu'ranit. Nüüd erineb Shia erinevus imamite valiku tõttu. Ismaili on Shia islami haru, mis on nime saanud Ismail ibn Ja'fari nime all ja kelle arvates nad on õigustatult määratud Imami või vaimne pärija. See erineb Twelversist, kes usuvad, et Isame noorem vend Isa al-Kāżim on tõeline imaam.
Ismailism, ühel hetkel oli see Shisimi suurim haru, mis oli poliitilises võimus kümnenda ja kaheteistkümnenda sajandi jooksul. Kuna ismalism on filiaal ja osa shiastest, on neil mõlemal palju uskumusi, sealhulgas, et on ainult üks tõeline Jumal ja et imaamid peaksid olema Muhamedi järeltulijad tema tütre Fatima kaudu. Mõlemad, Shias ja Ismaili usuvad, et Muḥammadi perekond (Ahl al-Bayt) on jumalikult valitud, eksimatu ja juhitud Jumala poolt islami kogukonna juhtimiseks.

Nizari Ismaili on Shia islami tee (tariqah), rõhutades sotsiaalset õiglust, pluralismi ja inimlikku põhjust islami müstilise traditsiooni raames. Seda peetakse suurimaks islami haruks ja moodustavad enamuse Ismailist. Mustaali Ismaili on Ismaili Shia islami sekti. Peamine erinevus Nizari Ismaili ja Mustaali Ismaili vahel on see, kes oleks pidanud olema imaam. Nizaris aktsepteeris Imam Nizari (esimene) üheksateistkümnendaks Imamiks, samas kui Mustaalis on Nizari noorem vend Mustali. Nizari moslemeid juhib praegu Aga Khan IV, keda tuntakse Imam Shah Karimi nime all.
Wikipedia sõnul on „Musta'liyyahi nimetatakse ka Taiyabi või Ṭayyibī, pärast viimast Imāmit, keda nad tunnevad, Ṭayyib Abī l-Qāṣim. Ajalooliselt eristati Ṭayyibiyyah ja Ḥāfiziyyah, viimane tunnistas Egiptuse Fatimidi valitsejaid (vahemikus 1130–1169) kui seaduslikke Imāmsi, mitte Ṭayyib Abī l-Qāṣimi. Hafizi vaade kaotas pärast Fatimidi dünastia langemist kogu toetuse: praegune päev Musta'liyya on kõik Ṭayyibiyyah. Suurim Mustaali rühm on Bohra ja suurim Bohra grupp on Dawoodi Bohra, mis asub peamiselt Indias. Bohra nimi on Gujarati sõna vahaurau ("kaubavahetus") uuesti tõlgendamine. Bohraste rahvas koosneb kahest peamisest rühmast: peamiselt kaupmeeskonnast Shīʿī enamusest ja Sunnī vähemusest, kes on peamiselt talupoegade põllumajandustootjad. ”
Shia ja Ismaili uskumused ja kultuurid on üsna sarnased, sest Ismailis on osa Shia sekti. Kõigil sektidel on sama usk Allahi ja Muhamedi suhtes. Jumal usub ühte ja tõelisse Jumalasse, kus Muhammed on Jumala viimane prohvet.